目前，我国物流企业仍以运输和仓储等传统物流功能为主，在“营改增”试点地区已经成为增值税纳税对象。
在原来的营业税政策下，物流企业承担的税负主要是交通运输业收入的3%和服务业收入的5%。而“营改增”之后，物流企业则面临有形动产租赁收入的17%、交通运输业收入的11%和服务业收入的6%的增值税税率负担(小规模纳税人采用3%的征收率)。
不过，由于两个税种不同的计税方式，所以不能片面地仅从税率高低上来判断税负的大小，如果企业的进项较多，那么增值税负可能较营业税负低，即便进项不多，也还可以选择按照小规模纳税人的征税方式纳税，存在着税务筹划的空间。
营改增“过渡窗口期如何筹划
增值税差额征税是指试点地区提供营业税改征增值税应税服务的纳税人，按照国家有关营业税差额征税的政策规定，以取得的全部价款和价外费用扣除支付给非试点纳税人和特定试点纳税人的规定项目价款后的不含税余额为销售额，作为增值税计税依据。它是营业税差额纳税政策的延续，对于满足《国家税务总局关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》规定的物流企业可以继续享受差额纳税，从而降低企业纳税负担。
我国目前已经认定8批上千家物流企业为试点单位，没有认定且符合认定条件的物流企业应该申请尽快加入试点企业名单。
企业拆分筹划法
由于在“营改增”试点下，物流企业认定为一般纳税人的标准是年营业额达到500万元，增值税税率为11%，相应的进项税额可以抵扣;否则按照小规模纳税人进行征管，征收率为3%，不存在进项税额抵扣问题。因此可以通过测算，衡量企业的经营规模和税收负担间的关系。
假如试点地区一家运输企业A，“营改增”之前适用3%营业税税率，2013年企业的营业收入为800万元，被认定为一般纳税人购进相关原材料和应税服务总额为300万元，可抵扣进项税额为51万元(300*17%)，企业的应纳增值税为37万元(800*11%-51);如果将企业拆分为两家运输公司，营业额均为400万元，认定为小规模纳税人，则应纳增值税合计为24万元(400*3%*2)，应纳增值税总额降低13万元。
找到采用拆分方式的临界点至关重要。假定运输公司的营业收入为α(α﹥500万元)，购进可扣除原材料和修理修配等劳务的金额合计为β，在一般纳税人的计算方式下，则增值税应纳税额为α*11%-β*17%;如果将公司拆分为n个小规模纳税人，营业额分别为γ1，γ2···(γn﹤500，∑γn=α)，则应纳增值税为γ1*3%+γ2*3%+···=α*3%。
假定拆分前增值税税负高于拆分后税负，则α*11%-β*17%﹥α*3%，得到47.06%﹥β/α，也就是如果一般纳税人的运输企业可扣除外购项目金额与运输收入之比小于47.06%，企业拆分成为小规模纳税人能够节约税款。
关于进项税额的抵扣问题，应注意到在现行法律规定之下，运输业小规模纳税人可以委托税务机关按照3%征收率开具增值税专用发票，运输劳务的购买者取得发票后按照价税合计的7%而不是3%进行抵扣，对购买方的压力将会得到一定程度的缓解。
另外，如果运输劳务的购买方为营业税纳税人或者属于旅客运输等不允许扣除进项税额的项目，运输劳务的供给双方将会共赢。
在一般纳税人提供800万元不含税劳务时，除了收取运输费用，还将收取88万元的增值税销项税额。购买者虽然能够得到抵扣，但占用了现金;而拆分后作为小规模纳税人提供劳务，要保持800万元收入不变，只需要向劳务购买方收取824万元的价税合计，可以得到57.68万元(824*7%)的进项抵扣。
差额纳税筹划法
由于“营改增”试点范围内纳税人支付给非试点范围纳税人的款项具有不同处理方式，这为纳税筹划提供了空间。一种是试点范围内纳税人可以按照财税〔2011〕111号文件附件1的规定，将支付的金额按照7%的扣除率计算进项处理，另一种是可以根据财税〔2011〕111号文件附件2的规定，作直接扣除处理(即差额纳税)。
例如：“营改增”试点地区有一家物流企业B，“营改增”被认定为增值税一般纳税人，当月不含税营业额为100万元，该月取得位于非试点地区一运输企业开具的公路内河货物运输业统一发票，运费为40万元。
方案1：B按照运费和7%的扣除率计算进项扣除应纳增值税(VAT)=100*11%-40*7%=8.2万元方案2：B按照差额纳税的方式计算销售额应纳VAT=(100-40)*11%=6.6万元从两个方案的比较可以看出，方案2缴纳的税额较少，与方案1相比可以节约1.6万元的税款。
运用差额税收筹划方法，企业本身必须是通过《国家税务总局关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》认定的试点企业。否则，不能运用差额方法筹划纳税。
税务筹划贯穿于经营活动中
目前，我国物流企业主要采用比较传统的以运输和仓储为主要功能的运作模式。所以，“营改增”试点几乎会全面影响物流企业的日常经营活动。
“营改增”对于物流企业收益最明显的影响，就在于购置的作为固定资产使用的运输车辆可以作为进项扣除，从而大大减轻了企业的税负，这对处于扩张期、需要大规模投资的物流企业来说，收益尤为明显。
有些物流企业需要采购由供应商提供的车辆运输服务和其他方面的物流服务，比如仓储服务等，“营改增”试点税收政策通过影响企业不同决策的成本，影响企业的采购决策。
提供车辆运输服务的税务筹划
“营改增”对物流企业经营决策的影响，体现在营业税和增值税对企业决策成本计量的核算方式不同。
例如：位于试点地区的一家物流企业C被认定为增值税一般纳税人，其汽车运输供应商S1、S2分别位于试点地区和非试点地区，假设2013年1月两家供应商均向C公司提供不含税价格100万元的运输服务，那么：对于S1供应商，C需要支付的价税合计金额为：
100+100*11%=100+11=111万元
其中，100万元计入成本，11万元可以凭增值税专用发票作为进项税额抵扣，由于增值税是价外税，所以相应的进项税额不能计入成本费用。
对于S2供应商，C需要支付的金额为：
100+100/(1-3%)*3%=103.09万元
在此情形下，实际支付的103.09万元都可以计入相关成本费用。
即两个供应商对C公司的报价分别是111万元和103.09万元。从表面上看，S2供应商的报价更低，但由于增值税抵税的核算方式，实际上选择S1供应商更有优势，只是需要C公司预支待抵扣的增值税款而已，企业可以结合自身的现金持有政策做出抉择。
提供仓储服务的税务筹划
财税〔2011〕111号文件对纳入“营改增”范围的仓储服务定义为：“利用仓库、货场或者其他场所代客贮放、保管货物的业务活动”。而在现实的操作过程中，物流企业应当严格区分两类合同：仓储保管合同和仓库出租合同。
两项业务都属于仓储服务，但是仓库出租同时又属于不动产出租，属于营业税的征税范围，这就为税收筹划提供了空间。“营改增”试点并没有将不动产出租纳入试点范围，即其仍然按照5%的税率缴纳营业税。
如试点地区一物流企业D被认定为增值税一般纳税人，将自有的仓库出租给其他企业，拟收取价税合计200万元。
如果选择按照仓储业务缴纳增值税，则D企业实际能得到200-200/(1+6%)*0.06=200-11.32=188.68万元。
如果选择按出租不动产缴纳营业税，则实际能得到200-200*5%=190万元。
显然选择缴纳营业税对D企业更有利。针对仓储服务进行税收筹划要提防筹划风险，在合同中明确规定双方的权利和义务，因为一般情况下，仓储业务负有更大责任，因此企业应结合自身经营情况准确筹划。
租赁物流设备(动产)的税务筹划
此类筹划主要是针对物流企业在“营改增”试点前发生的动产租赁业务，财税〔2011〕111号文件称之为“跨年度租赁”：即试点纳税人在该地区试点实施之日前签订的尚未执行完毕的租赁合同，在合同到期日之前继续按照现行营业税政策规定缴纳营业税。签订合同的日期对企业承担的税负具有很重要的决定性作用。
如试点地区的一家物流企业E为一般纳税人，该公司在2012年1月与另一家企业签订3年的设备租赁合同，合同金额30万元(平均每年10万元)。
如果一次性签订3年的合同，则按照租赁业5%的税率缴纳营业税：E企业应缴纳营业税额=30*5%=1.5万元;企业实际得到30-1.5=28.5万元。
如果每年签订一次，按照“营改增”相关规定，租赁合同为试点开始日后签订执行，合同标的物为试点前购进或者自制的有形动产，应缴纳增值税，可选择适用简易计税办法或一般计税方法计缴。
如E企业选择按照简易方法计税，则2012年缴纳营业税额=10*5%=0.万元;2013年、2014年增值税销项税额=20/(1+3%)*3%=0.58万元;企业实际得到30-0.5-0.58=28.92万元。
如E企业选择按照一般计税方法纳税，则2012年缴纳营业税额不变;2013年、2014年增值税销项税额=20/(1+17%)*17%=2.91万元;没有相应进项税额可以抵扣，企业实际得到30-0.5-2.91=26.59万元。
