纳税人资格认定环节
按照税法规定，增值税分为一般纳税人和小规模纳税人，两类纳税人的管理和征税方式差异较大。
审查方法：
一、是通过分析中国税收征管信息系统（CTAIS）中的小规模纳税人税务登记和申报征收数据，从中筛选年应税销售额超过税法规定小规模纳税人认定标准的企业情况，包括企业年应税销售额、行业类型和已缴纳增值税额等内容。
二、是将上述筛选结果交由税务部门逐一核实，并重点关注税务部门核实结果与筛选结果有差异的企业，以及这些企业在超过一般纳税人标准后，税务机关是否按规定时间下达了税务事项通知书，是否及时督促企业办理相关认定手续。三是根据税务部门的核实结果，按照税法规定计算企业少缴税款的具体金额，并确定相关税务人员的责任。
销项和进项税额的申报环节
1.销售收入的确认是否真实、准确和及时
审查方法：
一、是审查纳税人申报的销售收入金额是否完整，是否包含了在销售时向购买方收取的包装费、包装物押金、手续费、奖励费、返还利润等各种性质的价外费用；是否存在通过设置“账外账”等方式，隐匿购销中的现金交易，达到偷逃税款的目的。
二、是审查纳税人是否按照税法规定，以“货物发出或移送”“收到销售款”“取得索取销售款凭据”或“合同约定”等标准，及时确认应税销售收入；是否存在通过“压票”、收入挂往来科目等方式人为少计收入，少缴税款的问题。
2.视同销售行为是否准确计算和缴纳税款
审查方法：
一、是审核委托代销和受托代销货物行为是否足额申报销项税额，是否存在按扣除手续费后的余额计税，或直接挂往来科目不计收入的问题。
二、是审核是否将不在同一地区的总分机构间调拨货物作为销售处理，是否计提了销项税额。
三、是审核企业将自产、委托加工的货物用于职工福利、个人消费、投资入股以及捐赠等非应税项目后，是否及时足额计提了销项税额；是否存在直接成本对转，不计销售收入，或仅按货物成本价格核算，未按规定视同销售，导致少计税款的问题。
四、是审核企业将外购的货物用于对外投资、捐赠等项目时，是否按规定视同销售并计提销项税额，是否存在错误使用进项税额转出的问题。
3.兼营的非应税项目收入是否准确核算和申报纳税
一、些大型综合性业务企业不按规定对正常销售业务和兼营的非应税项目进行准确核算，并将销售货物的销售额混入非应税项目的销售额中计缴营业税，从而少缴税款。
审查方法：
一、是通过调阅企业经营业务合同，掌握销售业务和兼营的非应税业务的总体情况；
二、是查阅“其他业务收入”等核算非应税项目收入的明细账，重点关注其中贷方发生额较大、摘要记录异常的业务，通过审查相关凭证，进一步核实企业是否存在将正常销售业务混入非应税项目中核算，少缴税款的问题。
4.非应税项目的进项税额是否转出
进项税额是纳税人当期应缴纳税额的抵扣项，但是按照税法规定，纳税人用于非应税项目的进项税额即使取得了增值税专用发票也不得抵扣，需要做进项税额转出处理。
审查方法：
一、是以企业“营业外支出”和“待处理财产损益”明细账为基础，审核企业是否存在发生原材料盘亏和非正常损失后，只按成本结转到“营业外支出”科目中，不相应转出进项税额的问题。
二、是以“应付福利费”“原材料”“包装物”和“低值易耗品”等科目为基础，并与进项税额转出明细账进行核对，核实企业是否存在将外购货物用于集体福利和个人消费等不按规定转出进项税额的问题。
税率适用环节
税率是计算增值税税额的尺度。现行税法根据货物、劳务的不同类型，分别设置了17%、13%、11%、6%等多个增值税税率，由于各税率之间差距较大，因此纳税人通过混淆收入类型、适用较低税率少缴税款的问题比较常见。
1.是否按规定分别核算不同税率的货物
审查方法：
一、是掌握企业生产经营的产品类型，了解各类产品是否适用不同的税率。
二、是通过查阅企业“主营业务收入”明细账，核实企业是否存在未按规定将不同税率的产品销售收入分别记账、单独核算，并按照低税率计算缴纳税款的问题。
三、是根据企业“主营业务收入”“应交增值税”明细账和相关凭证，重点审查金额较大的销售业务对应的产品类型及适用税率，核实是否存在将高税率产品销售收入混入低税率产品销售收入中计缴税款的问题。
2.实施“营改增”后，是否将产品销售收入混入技术服务费等服务收入中少缴税款
审查方法：
一、是调阅企业产品销售合同、协议，掌握其中技术服务和售后服务的相关条款内容，掌握一般产品销售收入与技术服务费、售后服务费等服务的收入规模、结构和差别。
二、是以纳税申报表为依据，结合“主营业务收入”“其他业务收入”明细账，检查销售行为申报销项税额的收入额是否完整、准确，重点关注有无将一般产品销售收入混入技术服务费、售后服务费等收入列入“其他业务收入”中核算，使用低税率少缴税款的问题。
增值税发票的使用环节
1.增值税发票的开具和使用是否符合相关规定
审查方法：
一、是检查纳税人在使用增值税防伪税控系统开具专用发票和普通发票时是否严格规范，特别是专用发票所附“销售货物或者提供应税劳务清单”的开具是否严格按规定使用了防伪税控系统，重点审查纳税人是否存在利用防伪税控系统管理漏洞，通过伪造“销售货物或者提供应税劳务清单”虚开增值税专用发票的问题。
二、是审核一般纳税人是否按规定使用增值税专用发票，是否在零售消费品、向小规模纳税人销售货物和销售免税货物时也违规开具专用发票。
2.发票的开具是否与真实购销业务一致
审查方法：
一、是关注货物流的真实性，在分析税务机关和企业申报纳税的相关数据资料并锁定初步疑点的基础上，应采取突击方法全面取得企业真实的进、销、存业务资料和数据，对比分析企业财务核算购销与纳税申报的差异，审查纳税人发票的开具是否基于真实的业务往来。
二、是关注资金流的真实性，通过调阅购销双方企业的资金和往来账户等相关财务资料，审核购销双方资金支付的真实性，查看是否存在以虚假票据付款或先支付后回流等虚假付款的问题。
三、是重点关注发票中的购销双方与资金流向、货物（劳务）流向的对应关系不完全一致的问题，核实纳税人是否存在“真票假业务”等虚开、套开增值税专用发票或普通发票的问题。
3.农产品收购发票等特殊票据的使用是否规范
审查方法：
一是通过“原材料”“应付账款”等明细账及购入原材料有关的原始凭证，掌握原材料购进情况。
二是将合同、原材料台账与财务部门数据及结算情况进行对比分析，审核农产品收购发票的开具数量与其经营规模是否协调一致，是否存在收购农产品的内容和规模超过企业生产能力等违反“常识”的情况。
三是通过延伸调查原料采购地、货物承运单位等，核实企业购进农产品业务的真实性。
