合伙企业转让上市公司股权少缴税款案件
该案为审计署某特派办转办案件涉及税收管理风险事项的企业，经开展调查核实，并于3月14日正式立案检查。涉案企业税务注册时间为2021年3月12日，为小规模纳税人，个人所得税征收方式为查账征收。2021年6月17日向主管税务机关申报增值税应税收入约7900万元，入库增值税约79万元，各合伙人通过经营所得个人所得税月（季）度申报(ITS)模块共计申报入库个人所得税经营所得约262万元。
2021年6月18日申请办理简易注销，金三系统判定符合简易注销条件，前台工作人员按照省市局“放管服”要求和操作流程，为其办理了简易注销。由于增值税申报收入和个人所得税申报收入一致，金三系统未识别出风险。
经调查，上述涉案企业系县政府招商引资企业，执行事务的普通合伙人均为Z某，其余合伙人均为自然人（有限合伙人）。2015年，该企业通过购买合计持有了某上市公司股票4166700股，合计购买成本6544446元。2017年，该上市公司在深交所上市，2020年该企业持股限售期结束。2021年5月-6月期间，该企业通过证券市场交易及非交易股权转让方式将上述股票全部转让，取得收入约44120070元。上述涉案企业存续期间仅从事了股权转让交易，各合伙人按生产经营所得已申报缴纳个人所得税约231万余元。
【违法事实】
由于涉案企业所在的当地县政府承诺了相应的优惠政策，于是该企业通过招商引资政策，将原合伙企业迁入该县。合伙企业税收申报为招商引资人员办理。该企业通过证券市场交易及非交易股权转让方式将持有上市公司股权进行转让，由于股权转让成本部分由优惠税率倒算填写，故存在少缴个人所得税税款行为。
【查办过程】
该案件为S县税务局移交案件，涉及审计署某特派办提示的风险事项。因涉案企业已注销，检查组要求该企业普通合伙人Z某提供案件涉税资料，Z某委托D某处理该案件涉税事宜，并提供了纳税申报表、完税凭证、记账凭证、公证书等涉税资料。检查组查阅了该单位部分记账凭证及原始凭证，就该单位涉税情况向D某进行了询问，并就该企业原生产经营地的房屋使用情况等向S县工业集中区管理委员会、S县城市建设投资有限公司等单位进行了查证。检查过程中，该单位积极配合，态度较好，因此，检查组未采取任何强制措施。
审计署根据《财政部 国家税务总局 证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕167号）第一条“对个人转让限售股取得的所得，按照“财产转让所得”，适用20%的比例税率征收个人所得税。”，以及第三条之规定进行测算后发现，涉案企业涉嫌少缴个人所得税。
我局认为，根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）第三条、第四条、第五条之规定，按照《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》（国税发〔2011〕50号）第二条第三款第二项“对个人独资企业和合伙企业从事股权（票）、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。”要求，该合伙企业从事股权转让行为的所得，应按照先分后税原则，由合伙企业确认转让股权所得，减除企业成本费用后，再按各合伙人在合伙企业中所占份额比例进行分配，由自然人合伙人按照生产经营所得适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
因政策适用问题，我局测算结果与审计署意见测算结果存在较大差异。我局经市局所得税科向省局所得税处进行了请示，省局回复同意采纳我局处理意见，对涉案合伙企业股权转让行为取得的所得，纳入生产经营所得，向各自然人合伙人依法征收个人所得税。
【处理处罚结果】
1.该合伙企业各自然人合伙人已在2022年3月31日前汇总申报补缴个人所得税经营所得12658567.36元，分红所得75000.6元，已缴清全部税款。
2.根据《中华人民共和国税收征收管理法》“第五十一条 纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。”之规定,建议将该单位2021年度多缴税款退还。2022年3月31日该合伙企业主管税务机关已将企业多缴增值税及其附加退还。
3.该合伙企业已缴清全部税款，主管税务机关已将多缴税款退还，故无处理意见。
4.该合伙企业少缴税款行为未构成偷税，暂未发现该单位存在其他应当处罚的税收违法行为，故无处罚建议。
